生物多様性とは何か (5)「日本国内で直面する生物多様性問題」

生物多様性とは何か (5)「日本国内で直面する生物多様性問題」

※本コラムは2026年9月に加筆修正しました。

前回は世界全体の生物多様性危機をデータとともに概観しましたが、日本国内も例外ではありません。生物の絶滅リスクや生息地の劣化、気候変動との複合的な影響など、深刻な状況が進行中です。本稿では、国内で顕在化している問題と事例を、公開データや公的報告に基づいて整理します。

1. 絶滅危惧種の増加と分類群ごとの危機状況

環境省レッドリストに見る国内危機

環境省のレッドリスト2020では、国内の絶滅危惧種は3,716種（海洋種含め3,772種）に達し、前回より40種増加したと報告されました。その後、環境省は分類群ごとに評価をやり直す「第5次レッドリスト」の公表を進めています。2026年3月17日時点で、環境省レッドリストにおける絶滅危惧種の総計は3,587種です。第5次レッドリストは海洋生物を含む全16分類群が対象で、この総計は上の3,772種と同じ基準の数字にあたります。日本国内では、とくに淡水域に依存する生物が危機的で、脊椎動物の半数以上が何らかの淡水環境に依存しています。

分類群別に見ると、レッドリスト2020の時点で、汽水・淡水魚類（全400種）のうち167種（約42％）が絶滅危惧種で、魚類の多くが河川改修や水質悪化の影響を受けています。両性類は66種中22種（33％）が危機に瀕しており、温暖化や病原体の影響で減少が懸念されます。鳥類では700種中97種（14％）が絶滅危惧に指定されています。例えば外来種や環境変化に弱い湖沼の水鳥や、都市化による生息地減少で里地里山の渡り鳥が減少する事例が報告されています。これらの統計から、淡水魚や両生類のように限定された生息地に依存する種ほど、高い比率で絶滅危惧に陥っていることが明らかです。

第5次レッドリストでは、この評価が分類群ごとに更新されています。2026年3月17日に公表された鳥類では、掲載された170種のうち108種が絶滅危惧種と評価され、レッドリスト2020と比べて絶滅危惧種は10種増えました。爬虫類・両生類では掲載138種のうち96種が絶滅危惧種で、こちらは12種の増加です（内訳は爬虫類が1種減少、両生類が13種増加）。2025年3月18日に公表された植物・菌類では、掲載2,952種のうち絶滅危惧種は2,063種で、第4次レッドリストの2,270種から207種減りました。環境省はこの減少の要因として、評価基準の変更により要件を満たさなくなったことや、個体数の回復・新たな分布の発見によって絶滅危惧の要件を満たさなくなったことなどを挙げています。汽水・淡水魚類を含む残りの分類群は、令和8年度（2026年度）以降、評価作業の終了したものから順次公表される予定です。

環境省 第5次レッドリスト：分類群別の絶滅危惧種数 植物・菌類2,063種（2020年比207種減）、鳥類108種（10種増）、爬虫類・両生類96種（12種増）。 環境省 第5次レッドリスト：分類群別の絶滅危惧種数 2025年3月（植物・菌類）、2026年3月（鳥類、爬虫類・両生類）公表。 ※はレッドリスト2020との差（下の注記） 0 500種 1,000種 1,500種 2,000種 絶滅危惧種数 植物・菌類 2,063種 ※ 鳥類 108種 ※ 爬虫類・両生類 96種 ※
図1 環境省 第5次レッドリスト — 公表済み3分類群の絶滅危惧種数。出典: 環境省 報道発表（植物・菌類 2025年3月18日／鳥類、爬虫類・両生類 2026年3月17日）。※印はレッドリスト2020との差で、植物・菌類は207種減、鳥類は10種増、爬虫類・両生類は12種増です。汽水・淡水魚類など残る分類群は未公表で、この図には含まれません。

ここで、数え方の違いに注意が必要です。上に挙げた「鳥類700種中97種（14％）」は日本産の鳥類全体を分母にした割合であるのに対し、第5次レッドリストの「170種のうち108種」は、レッドリストに掲載された種を分母にした数です。同じ「鳥類の絶滅危惧種」という言葉でも、分母が違えば示している内容は別のものになります。

  • 淡水魚類

    400種中167種（42％）が絶滅危惧種で、近年も種数は増加傾向。河川改修や汚染で生息域を失い、例えば在来魚を捕食するブルーギルやブラックバスなど外来魚の問題も指摘されています。

  • 両生類
    66種中22種（33％）が絶滅危惧種で、温暖化による生息環境変化や、カエル類の病気の拡大などで個体数が減少しています。

  • 鳥類
    700種中97種（14％）が絶滅危惧種で、都市化による里山減少や渡りルートの変化で、チドリやツル類などが影響を受けています。第5次レッドリスト（2026年3月17日公表）では、掲載170種のうち108種が絶滅危惧種と評価されました。

絶滅危惧種のリストに載っていない、ごく普通に見られる生きものにも減少が報告されています。環境省は2024年10月1日、「モニタリングサイト1000里地調査2005-2022年度とりまとめ報告書」を公表しました（調査の事務局は日本自然保護協会が務めています）。同報告書は、日本の里地里山における身近なチョウ類・鳥類・植物などの減少傾向を明らかにしています。あわせて公表された第4期とりまとめ報告書概要版では、20年間の調査から見えた日本の自然の変化がまとめられました。挙げられているのは、身近に見られる生き物の減少傾向、気候変動の影響、外来種の拡大傾向です。里地調査の結果は 第9話「身近な普通種が消えている — モニタリングサイト1000 が示す里地の20年」 で詳しく取り上げています。

２．里山・干潟・藻場などの劣化

里地里山（農地・ため池・雑木林などの田園景観）は、過疎化・農地放棄・開発などでモザイク構造が失われつつあります。例えば農地や水路、ため池の管理縮小により里山の自然環境が減少し、多様な生物が暮らす空間が縮小しています。浅海域では高度経済成長期から1980年頃にかけて毎年約40km²の海域が埋め立てられ、干潟や砂浜を利用するシギ・チドリ類が激減しました。これにより、陸水系生態系（淡水・湿地生態系）の種は絶滅リスクが高まっています。近年は都市公園の拡充や水質改善も進みつつありますが、里地里山の荒廃や都会化による生息地減少は依然大きな問題です。

  • 里地里山
    都市化や農業構造の変化で里山の耕作放棄地が増え、モザイク環境の消失が懸念されています。とくに平野部の大規模農地では雑木林や水路が減り、里山に生息する昆虫類・鳥類が減少しています。

  • 干潟
    全国の干潟面積は1945年の約8.26万haから1978年には約5.39万haに減少し、1996年には約4.94万haまで縮小しました。自然な干潟が減ると、そこに依存する鳥類や稚魚の生育場も減少します。

    日本の干潟面積の推移 干潟面積は1945年の約8.26万haから1978年に約5.39万ha、1996年に約4.94万haへ縮小した。 日本の干潟面積の推移 環境省 自然環境保全基礎調査などによる全国の干潟面積 0 2万ha 4万ha 6万ha 8万ha 干潟面積 1945年 8.26万ha 1978年 5.39万ha 1996年 4.94万ha
    図2 日本の干潟面積の推移（1945年・1978年・1996年）。出典: 環境省 自然環境保全基礎調査（本文参照）。1945年から1996年までに約4割が失われました。

  • 藻場（海藻場）
    藻場面積も1978年の約20.76万haから1992年の約20.12万haへと減少傾向です。藻場は沿岸域の生産性向上や稚魚の隠れ場になっており、その減少は漁業資源にも悪影響を与えます。

3. 生息地の断片化・都市化・河川改修とその影響

都市化の進展で自然生息地は細分化・孤立化し、生物の移動や遺伝子交流が阻害されています。例えば横浜市では1960年代には約1万haあった市街地の樹林地が、1990年代には約3,000haにまで約74％減少しました。このように都市域では森林や農地が住宅地に転用され、ツキノワグマなど広域生息を必要とする種が分断されるなど影響が懸念されます。一方、河川改修ではコンクリート護岸や直線化で川の環境が劣化し、魚類や水辺植物の生息場が失われがちです。しかし国交省は近年「多自然川づくり」を推進しており、横浜市鶴見川水系の梅田川では改修時に蛇行した川筋を残し、瀬や淵、川岸植生など魚類の生息場を再生させる工夫が取られています。このように人工河川整備でも自然型技術を取り入れる事例が増えています。

  • 都市化・分断化
    住宅開発・道路建設で森林や農地が小区画化し、多くの生物が移動しにくくなっています。横浜市では住宅需要増加で市域の緑地が大幅に減少し、その結果生態系の連続性が低下しています。

  • 河川改修
    治水対策として河道を人工化すると魚道障害や流れの単調化が生じます。しかし最近は、護岸を緩やかな自然型にしたり、魚道・湿地を設けたりすることで生息場を整備する事例が増えています。

4. 農林水産業の現場での生物多様性への影響

農林水産業は生物多様性の面でも大きな変化をもたらしています。農業では、機械化・集約化で農地は減少・均質化し、農薬・化学肥料の使用によって生物相も変わりました。農水省の資料によれば、農水林産物の生産量はピーク時に比べて減少傾向にあり、特に漁獲量はピーク時の約半分になっています。農薬使用量は減りつつありますが、耕作放棄地では草地化・湿地化が進み、かえって湿地性生物が増えたり減ったり環境依存的です。例えば国内の研究では、乾田地帯の放棄では両生類や魚類が減少する一方、湿田の放棄地では在来種が増える場合があると報告されています。林業では戦後の造林推進で人工林が拡大し、生産性は上がったものの樹種多様性は低下しています。漁業では、近年の乱獲や環境変化で漁業資源が減少し、周辺海域の水産資源の44％が低位と評価されています。これらの影響に対応し、環境に配慮した農法（有機農業など）や森林管理、漁場再生の取り組みが求められています。

  • 農業
    集約農業により農地・農業用水路などが減り、里山生態系の要素が失われています。耕作放棄田は土地条件により影響が異なり、乾燥地帯では種数減少、湿地では一部生物群が増加する傾向があります。耕作放棄田は土地条件により影響が異なり、乾燥地帯では種数減少、湿地では一部生物群が増加する傾向があります。

  • 林業
    木材生産量は近年回復に転じつつあるものの、戦後の植林で針広混交林から人工林への転換が進み、生物多様性が低下しています

  • 漁業
    水産物の総漁獲量はピークの半分程度に落ち込み、沿岸漁業資源の低下が懸念されています。

5. 気候変動による国内影響：フェノロジーの乱れ

気候変動の影響で季節現象の時期にも変化が現れています。気象庁の観測では、日本各地で桜の開花日は年々早くなっており、1953年以降10年あたり平均1.1日早まる傾向が確認されています。一方、カエデ類の紅葉は10年あたり約3.1日遅くなる傾向です。これらは春の高温化や秋の気温変化が影響していると考えられます。また、高山帯では雪解けや気温の上昇が植物の生育時期に大きく影響します。北海道・大雪山の調査では、1℃の気温上昇により高山植物の開花期間が約4日間短縮し、温暖化による雪融けの早期化も併せると全体で約5日間開花シーズンが短くなると予測されています。こうした開花・結実時期の変化は、昆虫の生活周期や動植物間の相互作用にも影響を及ぼすため、生態系全体への波及が懸念されています。

その背景にある気温の上昇は、近年さらに大きくなっています。気象庁が2025年9月1日に発表したところによれば、2025年の夏（6〜8月）の日本の平均気温は基準値からの偏差が+2.36℃となりました。それまでの記録だった2024年・2023年の+1.76℃を大幅に上回り、統計を開始した1898年以降の夏として最も高い記録の更新です。地域別でも北日本+3.4℃、東日本+2.3℃、西日本+1.7℃と、いずれも統計を開始した1946年以降の夏として最も高い値でした。

高山帯については、どの種がなぜ減るのかという機序に踏み込んだ研究も出ています。北海道大学などの研究グループが2025年2月4日、大雪山の調査結果を発表しました（掲載誌 Alpine Botany）。過去40年間で増えた種と減った種、あわせて12種の高山植物を比べた調査です。減った種には、水平方向に伸びる地下茎が発達しておらず、養水分の吸収を担う細根が少なく太いという共通点がありました。研究グループは、こうした特徴をもつ植物は乾燥ストレスに弱いと考えられ、温暖化によって引き起こされた土壌の乾燥化の影響を受けて急速に減少した、としています。開花期間の短縮という時間の変化と、土壌の乾燥という環境の変化が、同じ場所で重なっていることになります。

  • 桜の開花
    全国の観測結果で、1953年以降に桜（ソメイヨシノなど）の開花日は着実に早まっており、温暖化との関連が示唆されています。

  • 紅葉・黄葉
    カエデ類などの紅葉開始日は年々遅くなっており、秋の冷え込みの遅れが影響しています。

  • 高山植物
    高山帯では温暖化で雪解けと平均気温の変化が進み、1℃上昇で開花期が約4日短縮するという解析結果があります。今後も高山植物や里山植物の生育時期の変化が続くと予想されています。

6. 外来種による影響

近年、外来生物による生態系への影響が深刻化しています。哺乳類ではペットや動物園から逸出・放逐されたアライグマ・ハクビシン・ヌートリアなどの分布が全国的に拡大中で、農作物被害や伝染病リスクを増大させています。アライグマは器用で適応力が高く、北海道から九州まで定着し分布域が著しく広がっています。これらは特定外来生物に指定され、捕獲駆除が進められています。鳥類・両生類・魚類にも外来種の侵入が影響します。例えば河川や湖沼に放されたブルーギル・ブラックバスは在来淡水魚を減少させ、駆除・管理の対象となっています（環境省外来生物リストに指定）。植物ではセイタカアワダチソウやオオキンケイギク、海岸植物のオヒシバなどが在来植生を置換し、生態系の構造を変えています。これら外来種への対策として、国内外来種の最新分布調査や防除マニュアル作成などが環境省等で行われています。

身近な生きものが規制の対象になった例もあります。アカミミガメ（ミドリガメ）とアメリカザリガニは、2023年6月1日から外来生物法の「条件付特定外来生物」に指定されました。一般家庭でペットとして飼っている個体は、申請や許可、届出などの手続きなしに、これまで通り飼い続けることができます。一方で、池や川など野外に放したり逃がしたりすることは法律で禁止され、違反は罰則の対象となります。販売・頒布を目的とした飼養や、販売・頒布・購入、輸入については、原則として通常の特定外来生物と同様の規制がかかります。すでに広く飼われている生きものについて、飼育そのものは続けられるようにしつつ、野外への放出を止めることに重点を置いた規制です。

  • 哺乳類

    アライグマ・ハクビシン・ヌートリアは1970～80年代以降に多数輸入され、各地で野生化しています。最新の調査では北海道や東北を含め広範囲に分布拡大していることが報告されています。

  • 魚類・両生類

    ブラックバスやブルーギル、ウシガエルなど外来種は在来種を捕食・競合し、湖沼や河川の生物相を撹乱します。多くが特定外来種に指定され、駆除対策が行われています。

  • 植物
    湿地や水路を中心に外来植物も拡大しています。干潟に侵入する外来藻類や、水田畔の外来雑草も在来植生の侵食要因となっています。

7. 沿岸域の水質悪化・藻場減少・里海保全の動向

沿岸域でも水質汚濁や生物多様性の低下が問題です。高度成長期以降の公害対策で水質は改善傾向にありますが、有明海や瀬戸内海など閉鎖性海域では依然として富栄養化や赤潮の発生が懸念されます。一方、瀬戸内海では1979年に年間172回観測された赤潮が2019年には58回に減少するなど、一部で改善の動きも見られます。しかし国立環境研究所の調査では、わが国周辺水域の水産資源の44％が低位であるとも報告されており、生物資源の減少が課題です。藻場・干潟は引き続き減少傾向にあり、前述の通り干潟面積は歴史的に大幅に減少、藻場も1978～92年で微減しています。こうした問題を背景に、近年は里海（Satoumi）づくりの取り組みが全国的に広まりました。里海とは「人の手が入り生産性と多様性が高まった沿岸域」を指す概念で、2000年代以降は「人が自然と調和して暮らす海辺」という広義の意味で捉えられています。環境省の里海創生事業などで流域一体管理が推進され、2021年には瀬戸内海環境保全特措法も改正され「きれいで豊かな海」づくりが目指されています

瀬戸内海の赤潮 年間発生件数 瀬戸内海の赤潮発生件数は1979年の172件から2019年の58件へ減少した。 瀬戸内海の赤潮 年間発生件数 水質改善が進んだ一方、閉鎖性海域では富栄養化の懸念が続く 1979年 2019年 172件 58件 赤潮の発生件数
図3 瀬戸内海の赤潮 年間発生件数（1979年と2019年）。出典: 瀬戸内海の環境保全に関する公表資料（本文参照）。改善の一例で、東京湾や有明海では貧酸素や赤潮の報告が続いています。

  • 水質・赤潮
    工業排水や農業流出により、水質汚濁や赤潮発生が問題化してきましたが、対策で瀬戸内海の赤潮回数は減少しています。一方、東京湾や有明海では貧酸素や赤潮が報告され、生態系影響が懸念されています。

  • 藻場・干潟
    沿岸の生息場は長期的に縮小しています。干潟は歴史的に約半減し、藻場も減少傾向にあります。藻場・干潟は水質浄化や生育場として重要であり、保全策が求められます。

  • 里海（Satoumi）
    里海づくりは日本発の概念として国内外で注目され、沿岸海域の復元や地域振興と連携した管理手法として各地に広がっています。漁村型・都市型など多様な形態で里海再生の事例が増えており、地域住民と行政が協働して「藻場再生」「流域管理」などに取り組んでいます。

8. 再生・保全の取り組み

現在、国・自治体・市民レベルで多様な再生・保全策が進められています。まず多自然型川づくりでは、河川の護岸や堤防工において、コンクリート化を抑制し、自然植生や湿地を残す工法が採用されています（梅田川の事例など）。緑地保全・都市緑化では、横浜市の「市民の森」制度や森づくりボランティア、公園緑地の大幅拡充などにより、面積的・質的な保全が図られています。ビオトープ構築も盛んで、環境省や自治体は学校・企業・公共施設にビオトープを設置・管理するモデル事例を推進しています。また、里海創生では2008～10年度のモデル事業で七種の里海類型（流域一体型、漁村型など）が示され、全国に里海ネットワークが構築されました。さらに自然共生型農法や里山再生活動も活発化しており、有機農業の支援や里山管理人材育成など、里地里山の保全・再生が進められています。これらの取り組みは、単に自然を残すのではなく、人々の暮らしと結びついた形で生物多様性の回復を図る「人と自然の共生」に主眼が置かれています

  • 官民連携の緑化・再生事業
    国や自治体は「多自然川づくり」や「みどりの保全地区」指定などで野生生物の生息空間を確保・創出しています。

  • 市民・NPOの活動
    ボランティアによる里山整備や市民養蜂など、地域住民が主体となった保全活動が全国で広がっています。横浜市の森づくりボランティア事業など、官民協働の好例が数多く報告されています。

  • ビオトープ・緑の回廊
    学校や企業も生態系に配慮した池や湿地を作り、官民一体でビオトープ設計・管理を推進しています。都市では屋上緑化や街路樹の整備も進められ、分断された生息地をつなぐ緑のネットワークづくりが重視されています。

次回は、国内の生物多様性問題が、私たちの暮らしや産業に具体的にどう影響するのか、さらに深く掘り下げていきたいと思います。

【出典、参考文献】

更新履歴: 2026年9月 — 環境省レッドリストの記述を第5次へ切り替えました。鳥類は掲載170種のうち108種（2020年比＋10種）、爬虫類・両生類は掲載138種のうち96種（＋12種）、植物・菌類は2,063種（第4次の2,270種から207種減）、汽水・淡水魚類を含む残りの分類群は令和8年度以降の公表待ちです。あわせて絶滅危惧種の総計（2026年3月17日時点で3,587種）を追記し、「日本産の全種を分母にした割合」と「レッドリスト掲載種を分母にした数」の違いを明記しました。鳥類の節にモニタリングサイト1000里地調査の20年分の結果、外来種の節にアカミミガメ・アメリカザリガニの条件付特定外来生物指定（2023年6月）、気候変動の節に2025年夏の記録的高温（気象庁）と大雪山の高山植物の研究（北海道大学）を追記。出典の淡水魚類分布調査のリンクを現行URLへ差し替えました。

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